潔凈手術室以室內微生物為控制目標，運行參數以及分級指標，空氣潔凈度是必要的保障條件。潔凈手術室按潔凈程度可分為以下幾級：
1、特別潔凈手術室：手術區潔凈度為百級，周邊區為千級。適用于燒傷、關節轉換、器官移植、腦外科、眼科、整形外科及心臟外科等無菌手術；
2、潔凈手術室：手術區潔凈度為千級，周邊區為萬級，適用于胸外科、整形外、泌尿外科、肝膽胰外科、骨外科及取卵等無菌手術；
3、一般潔凈手術室：手術區潔凈度為萬級，周邊區為十萬級，適用于普通外科、皮膚科及腹外科等手術；
4、準潔凈手術室：空氣潔凈度為十萬級，適用于產科、肛腸外科等手術。

潔凈手術部用房除潔凈度級另和細菌濃度應符合相應的級別外，有關的技術參數還應符合有關規定，見潔凈手術部各級用房的主要技術參數表。潔凈手術部的平面布局按照一般要求應分為潔凈區與非潔凈區兩部分。